GoodNotes標準サイズでノートを作ってた
GoodNotes標準サイズは455 × 588(ピクセル)です。
GoodNotes標準サイズでノートを作った場合、PDFを読み込むとサイズが違ってしまいます。気にしないならこのままでOK。

テンプレート変更
A4サイズのPDFとサイズを揃えるには、ノートを作る時の設定、またはノートを開いた状態での「テンプレート変更」から用紙サイズをA4に変更する。

最初に設定しておく
今のところ(2024.3月現在GoodNotes5使用)書き込み済みのノート部分のテンプレート一括変更という機能がないので、ノートの枚数がすでに多い場合は書き込み済みの部分については諦めた方が良さそう。(新しいページからはテンプレート変更可能です)
A4かGoodNotes標準か
GoodNotesにPDFを読み込んだり、印刷することがあるならA4で。
たまにしかPDF読み込んだりしない、印刷もしない場合はGoodNotes標準でも良いかなと思います。
1ページに書ける行数なども違ってくるので、最初は色々試してお好みを見つけてください(^^)/

ちなみに私は最近はA4で作ることが多いです
「フルタイプ入力・日本語」 でも罫線からズレないテンプレート作りました(GoodNotes標準サイズ・A4サイズ)
GoodNoteにPDFを読み込んだらノート部分とサイズが違って気持ち悪かったので対処法のメモです